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https://etherpad.in2p3.fr/p/JDEV2015.T5.GT02
Vous pouvez vous servir de ce pad collaboratif pour y inscrire vos commentaires, un résumé / restitution en sera fait qui sera inclus dans le compte rendu du GT.
Christophe Blanchet (Institut Français de Bioinformatique, Gif-sur-Yvette)
Fournir des services bioinformatiques à la communautés des sciences de la vie.
Les chercheurs du domaine utilisent un grand nombre de sources de données publiques faisant référence dans le domaine (plus d’un millier), caractérisées par leur hétérogénéité de format et une grande dispersion géographique. De plus,un très grand nombre de logiciels bioinformatiques sont disponibles (plusieurs centaines voire quelques milliers) pour analyser ces données biologiques, avec une grande diversité des interfaces utilisées, couvrant les principaux types (interface graphique autonome - GUI, portail web, web services et commande en ligne). Ces différents facteurs produisent des contraintes fortes lorsqu'il s'agit de répondre aux différents besoins avec des infrastructures classiques, que nous nous efforçons de résoudre à travers l'utilisation du cloud pour fournir ces services.
Yvan Le Bras (projet e-Biogenouest, Rennes)
Dans le cadre du projet e-Biogenouest, nous avons testé depuis 2012 l'utilisation d'une approche de type “système de systèmes” pour bâtir un environnement virtuel de recherche (VRE) dédié aux scientifiques en Sciences de la vie, environnement, santé et bioinformatique de Bretagne et Pays de la Loire. Cet environnement utilise une combinaison de briques logicielles open source afin de répondre aux besoins de collaboration et gestion de projets scientfiques (logiciel HUBzero), de gestion des données et métadonnées (logiciels Pydio et ISAtools) et d'analyse de données (Plateforme web Galaxy). Ce test de 3 ans mené sur près de 200 scientifiques permettra dans les mois à venir, via le projet CPER CeSGO, de mettre en place le premier centre e-Science français dans le grand ouest. Ce centre capitalisera sur les retours du projet e-Biogenouest pour proposer une meilleure accessibilité, reproductibilité et transparence de la recherche en sciences de la vie.
Jean-Michaël Celerier jeanmichael@blueyeti.fr - Les problèmes relatifs au but du projet qui est de produire un outil utilisable par des personnes n'ayant pas d'expérience préalable, ce qui engendre toutes les questions de portabilité sur plateformes desktop et mobile, etc… - Les outils que nous utilisons pour garantir une bonne qualité de code et un développement rapide compte tenu des changements rapides de spécification d'une part scientifiques, et d'autre part utilisateurs, et d'un effectif très faible (une seule personne à plein temps, entre 2 et 4 à mi-temps).