Savoir interfacer ses outils en ligne de commande pour Galaxy
Galaxy est une plate-forme web ouverte qui a pour objectif de permettre à la communauté scientifique sans compétence en programmation informatique de lancer des outils (bio)informatiques sur des cluster de calcul de haute performance via une interface web. La plateforme permet de réaliser des analyses reproductibles et transparentes.
Galaxy peut servir à interfacer un grand nombre d’outils à partir du moment où ils peuvent être lancés en ligne de commande sur un serveur Linux. Les outils disponibles dans Galaxy apparaissent dans l’interface web sous forme de formulaire permettant de paramétrer le lancement des outils (fichiers d’entrée, paramètres de lancement…). Les fichiers de définitions des outils utilisés par Galaxy sont de simples fichiers XML.
Une fois les fichiers de définitions des outils créés, ils peuvent être mis à disposition de la communauté scientifique sur un dépôt d’outil appelé le Tool Shed.
Pendant cet atelier, vous disposerez d’une machine virtuelle contenant une installation de Galaxy. Vous apprendrez comment écrire des fichiers de définition des outils (wrapper XML) pour ajouter de nouveaux softwares dans Galaxy. L'objectif de cet atelier est de démontrer le simplicité d'intégration de nouveaux outils au sein de Galaxy et de présenter les points fort des Tool Shed Galaxy pour la diffusion des développements à grande échelle dans la communauté scientifique.
• énoncé • sites