T5 - Eco-systèmes pour la science ouverte et développement coopératif
Objectifs
E-infrastructures de recherche (infra numérique et de données), Environnement de Recherche Virtuel (ERV), communauté de recherche et de développement. Quelles capitalisations des codes et des données? Quels développements coopératifs et co-construction pour le développement des e-infrastructures nationales ou internationales et leurs environnements numériques associés. Comment utiliser ces ressources pour ses développements dans les unités de recherche?
Description
A travers le tour des développements dans les groupes internationaux (RDA, EOSC, GO FAIR, …) et la présentation d’ infrastructures de recherche du MESR, notamment des e-infrastructures, et leur utilisation, cette thématique propose des pointeurs afin de mieux savoir comment se positionner / interagir avec les initiatives en cours au niveau national et international.
Il s’agit d’échanger pour développer les logiciels de manière coopérative. Comment contribuer aux développements des e-infrastructures nationales ou internationales et comment les utiliser dans les développements demandés dans les laboratoires (communautés de développement, spec de la RDA, TGIR, etc…).
Mots clés
- e-infrastructure
- Infrastructure de recherche
- Infrastructure logicielle
- VRE / Environnement de Recherche Virtuel
- Référentiels / catalogues de données
- Référentiels / catalogues de logiciels
- Référentiel / catalogues de services
- Services de calcul et de données (standards, Clouds, Web API, lac de données, …)
- Développement coopératif
- Science ouverte, transparente, accessible, reproductible (data paper, …)
- Information scientifique et technique
- Groupes de travail internationaux (RDA, ESFRI, …)
- DMP Data Management Plan
- SMP Sofware Management Plan
- Cycle de vie/Gestion des données et méta-données
- Cycle de vie/Gestion des workflows de traitement de données
- Ressources terminologiques
- Eco-systèmes (Pangeo, Galaxy, D4Science, jupyter notebook, …)
- Format ouvert et documenté de données
- Architecture ouverte, documentée et code disponible
- Code ouvert et documenté
- Standards, expression des besoins, spécifications fonctionnelles
- Blockchain
- Cahiers de laboratoire, FAIR by design
- Langage R
Ouverture
- Présentation
- Keynote slides
- Table onde
… A suivre !
- Introduction de la journée
- GeOrchestra, 10 ans après ! Modularité, subsidiarité
- La confiance au cœur de la Science Ouverte: La certification des entrepôts et des services de données
- Stratégie du CNES pour la diffusion et la valorisation de la données Spatiale
- Internet of FAIR Data and Services, a VRE point of view
- Poster : eLabFTW
- Poster : BIII Bio
Programme
Présentations
- 9h30-10h30 : GeOrchestra, 10 ans après ! Modularité, Interopérabilité & Subsidiarité Une Infrastructure de Données Spatiales socle de la construction d'un eco-système de services numériques pour la science ouverte - Hervé Squividant (Agrocampus-Ouest) slides
- 10h30-11h : La confiance au coeur de la Science Ouverte: La certification des entrepôts et des services de données - Françoise Genova (CNRS)
- 11h-11h30 : Stratégie du CNES pour la diffusion et la valorisation de la données Spatiale - Guillaume Eynard-Bontemps (CNES)
- 11h30-12h00 : Internet fo FAIR Data and Services, a VRE point of view - Yvan Le Bras (MNHN) & Romain David (ERINHA-AISBL)
- 12h-12h30 : Discussions apéro
Ateliers
- T5.A01 : Jupyter jusque Pangeo
- T5.A02 : Développement d'outils Galaxy
- T5.A03 : Développement d'applications R Shiny
- T5.A04 : Déployer, développer et configurer un portail de données / métadonnées en écologie
- T5.A05 : Hackathon like / PANGEO code sprint
- T5.A06 : Hackathon like / Galaxy “collaboration fest”
- T5.A07 : FAIR by design / REX INRAE
- T5.A08 : FAIR by design / formattage de données” / bonnes pratiques
- T5.A09 : Du PGD “projet” au PGD “structure”
- T5.A10 : Gestion de données et ressources terminologiques / structuration de données
- T5.A11 : Bonnes pratiques de développement sous R
- T5.A12 : Développement d'applications interactives via R Shiny
Groupes de travail
- T5.GT01 : JupyterHub
- T5.GT02 : Plans de gestion de données
- T5.GT03 : La communauté Pangeo
- T5.GT04 : Retour d'expérience sur fédération d'identité Renater
- T5.GT05 : La question de la pérennité des données de la recherche
- T5.GT06 : Fédération de cloud / mutualisation d'infrastructures
- T5.GT07 : Projet d'infrastructure virtuelle fédérative INRAE
- T5.GT08 : Vers un internet des données et services FAIR, l'importance des standards
- T5.GT09 : cahier de labo électronique / LIMS
